Các tác phẩm chính của Nguyễn Văn Xuân có:

• Ngày giỗ cha (tập truyện ngắn, 1943)
• Ngày cuối năm trên đảo (tập truyện ngắn, 1945)
• Bão rừng (tiểu thuyết, 1957)
• Dịch cát (tập truyện ngắn, 1966)
• Hương máu (tập truyện ngắn, 1969)
• Phong trào Duy Tân (biên khảo, 1969. Nhà xuất bản Đà Nẵng tái bản, 1995)
• Kỳ nữ họ Tống (truyện lịch sử, 2002)
• Khi những lưu dân trở lại (khảo luận, 1967)
• Chinh phụ ngâm diễn âm tân khúc (khảo lục, 1971). Đây là một khảo lục dựa trên văn bản do ông tìm thấy tại một gia đình hoàng tộc ở Huế. Cuốn sách này đã góp thêm một tư liệu để củng cố thêm giả thuyết của học giả Hoàng Xuân Hãn: dịch giả đích thực của tác phẩm này là Phan Huy Ích chứ không phải là Đoàn Thị Điểm [3].
• Nguyễn Văn Xuân-Một người Quảng Nam (27 bài báo với nhiều thể loại, 2010)

Theo nhà sử học Dương Trung Quốc, thì ông còn có cuốn biên khảo về Vụ án Truyện Kiều, nhưng đáng tiếc là bản thảo đã bị thất lạc[4].